• <tr id='Ljwzlf'><strong id='Ljwzlf'></strong><small id='Ljwzlf'></small><button id='Ljwzlf'></button><li id='Ljwzlf'><noscript id='Ljwzlf'><big id='Ljwzlf'></big><dt id='Ljwzlf'></dt></noscript></li></tr><ol id='Ljwzlf'><option id='Ljwzlf'><table id='Ljwzlf'><blockquote id='Ljwzlf'><tbody id='Ljwzlf'></tbody></blockquote></table></option></ol><u id='Ljwzlf'></u><kbd id='Ljwzlf'><kbd id='Ljwzlf'></kbd></kbd>

    <code id='Ljwzlf'><strong id='Ljwzlf'></strong></code>

    <fieldset id='Ljwzlf'></fieldset>
          <span id='Ljwzlf'></span>

              <ins id='Ljwzlf'></ins>
              <acronym id='Ljwzlf'><em id='Ljwzlf'></em><td id='Ljwzlf'><div id='Ljwzlf'></div></td></acronym><address id='Ljwzlf'><big id='Ljwzlf'><big id='Ljwzlf'></big><legend id='Ljwzlf'></legend></big></address>

              <i id='Ljwzlf'><div id='Ljwzlf'><ins id='Ljwzlf'></ins></div></i>
              <i id='Ljwzlf'></i>
            1. <dl id='Ljwzlf'></dl>
              1. 创富彩票-创富彩票|平台

                创富彩票平台

                基因组测序 基因组重测序 微生物基因组重测序

                微生物基因组重测序 生信分析 技术参数 案例解读 常见问题 留言咨询

                       微生物重测序能够快速解析菌株之间的变异信息。利用高通量测序技术,对一个物种的全基因组进行测序,并与近缘参考基因组进行比对,开发海量的SNP,InDel等分子标记,系统全面的检测菌株之间的基因变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等深入研究。

                 

                适用范围

                      (1)有参考基因组的菌株或真菌;

                      (2)选择具有代表性的个体。

                 

                技术优势 

                      (1)快速精准高效的解析基因组之间的差异,对全基因组的每一个碱基进行分析,获得最广泛的分子标记;遗传变异类型丰富:单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(InDel)一网打尽,深度解析基因变异的各个方面;

                      (2)快速高效:仅仅45个工作日即可完成全部分析内容,全方位加速微生物基因组快速发展;

                      (3)精准分析:10年以上项目经验的专业分析人员深入解析,精确解决科研过程中的各个问题。

                 

                技术流程

                    

                重测序建库和测序流程




                 

                 

                 

                微生物重测序分析流程

                 

                 

                分析内容

                解决问题

                核心软件

                原始数据过滤

                过滤低质量的序列

                FastqQC/NGS-QC

                参考基因组比对

                将测序reads比对到参考基因组

                BWA/samtools

                多态性检测

                研究菌株的地域传播规律

                Samtools/GATK/BreakDancer

                变异基因功能注释

                统计变异基因分布规律

                寻找变异丰富的功能分类

                Gene Annotation (In house)/Anovar/SnpEff

                系统进化树构建

                探究不同菌株的进化关系

                Mega/RaxML/PhyML

                选择压力分析

                了解微生物进化过程

                 

                 

                 

                 

                产品

                测序平台

                测序策略

                检测内容

                项目周期

                细菌重测序

                Illumina PE150

                350bp文库 100×

                SNPInDelSV

                45个工作日

                真菌重测序

                Illumina PE150

                350bp 文库 30×

                SNPInDelSVCNV

                45个工作日

                案例一:蛭弧菌个体重测序

                        蛭弧菌(Bdellovibrio bacteriovorus)是一类能寄生于其它细菌,并能导致其裂解的革兰氏阴性菌。蛭弧菌比一般的细菌个体小,能通过细菌滤器,有类似噬菌体的作用,是一类能“吃掉”细菌的细菌。文章对一株野生型和一株突变型蛭弧菌进行了全基因组重测序,该突变型蛭弧菌可以不依赖宿主繁殖与生存。与参考基因组比对后,两株蛭弧菌分别获得28,386和28,379个突变位点,它们之间的差异突变位点为19个,其中包括一个2bp的InDel引起了hit基因的移码突变,该基因与蛭弧菌的宿主依赖性相关。

                 

                两株蛭弧菌的基因组圈图

                 

                案例二:裂殖酵母群体重测序

                        裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)是重要的真核模式生物,对100年来全球20个国家和地区收集的161个自然菌株的基因组进行了重测序,测序深度中值为76×。结果发现这些菌株有适中的遗传多态性(π=3×10-3)和较弱的群体结构。同时发现裂殖酵母的起源可以追溯到约公元前340年,并且一些重要的起源时间节点和古代文明的发展密切相关。通过全基因组关联分析揭示了基因型和表型变异之间的关系。

                 

                全基因组关联分析结果

                 

                 

                参考文献

                [1]Wurtzel O, Dori-Bachash M, Pietrokovski S, et al. Mutation detection with next-generation resequencing through a mediator genome[J]. PLoS One, 2010, 5(12): e15628.

                [2] Jeffares D C, Rallis C, Rieux A, et al. The genomic and phenotypic diversity of Schizosaccharomyces pombe[J]. Nature Genetics, 2015, 47(3): 235-241.


                 

                (1)上机测序前如何判断样本是否有其他细菌污染?

                        送样后,创富彩票会对细菌样本的16S rRNA进行扩增、测序和比对,确认是否存在其他细菌污染,如果一代测序峰图有明显的双峰现象,或者NCBI的比对结果与预期结果不相符,则可以判断样本中存在污染。


                (2)重测序分析是否进行de novo拼接?

                        能够比对到参考基因组上的reads序列是不进行de novo拼接的,但创富彩票会对没有比对到参考基因组上的reads进行de novo组装,发现基因组大片段插入和缺失。

                填写资料 (电话、邮编和备注选填,其余均为必填项)

                微信扫一扫